Passiv wäre alles, was keine Interaktion des Users oder Admins erfordert.

Aktiv bspw. ein Captcha bzw. alles, was zur Erkennung "sitz da ein Mensch vorm PC?" dient.

Natürlich kann man auch das Klickverhalten analysieren, indem man bspw. mitloggt, wie ein User übe rden Tag aktiv ist.
Klickt er seit 48 Stunden durch, ist es entweder ein automatisches Programm oder aber (Achtung: Ausrede ) ein User der sich den Account mit seinen 5 Mitbewohnern teilt

Ruft der User genau alle 120 Sekunden die klick4.php auf, ist es entweder ein Bot, oder aber ein User der das mit der Stoppuhr macht.

Benennt der Admin die klick4.php kurzfristig in klick5.php um und schaut, wer nach 30 Minuten immer noch die alte Datei aufruft, ist das entweder ein schlechter Bot, oder die Katze des Users die mit der "Maus" spielt.....

Abgesehen davon kann man alle diese Punkte mit relativ wenig Aufwand auch in einem Bot ändern:
Aufrufzeit +-rand(0,20),
Link zur Bannerseite aus dem Menü holen,
halt nur 8 h/Tag den Bot aktiviert lassen.

Ein einigermaßen gutes Captcha bzw. besser 3-4 verschiedene die zufällig durchwechseln ist schon wesentlich mehr Aufwand für den Faker, besonders wenn keine 2 Seiten genau die selben Captchas verwenden, für den Programmierer aber ein sehr geringer Aufwand, und effektiv ist es meiner Meinung nach eher als andere Methoden.

Hauptproblem dürfte sein, dass man kaum einen Feind bekämpfen kann, den man nicht gut kennt und in den man sich nicht hineinversetzen kann.

K.a. was deine Kenntnisse auf dem Gebiet betrifft, aber allein die Nachfrage lässt darauf schließen, dass du vermutlich noch nicht versucht hast, selber mal zum Klickfaker zu werden, Bots dafür zu schreiben etc.

Um da effektiv gegen Arbeiten zu können muss man einen Schritt vorraus sein, und nicht einen hinterher (wie durch Nachfragen in einem solchen Forum hier wo kaum ein guter Faker seine Geheimnisse verraten wird ).