Irgendwie artet das hier grad zu Programmsupport aus...

Auf die 5s brauchst du nicht zu achten.
Wenn Zuletzt geändert lokal jünger ist als online wird natürlich alles erneut hochgeladen.
Beispiel: Du holst dir das VMS, installierst es auf deinem Webspace, stellst fest das es läuft und installierst es dann lokal in Xampp - schon sind alle Dateien aktueller als die auf dem Server.

Um das zu verhindern wirst du um inhaltsbasierte Vergleiche nicht herumkommen...

Muss jetzt weiterarbeiten, viel Erfolg
eaxo