Im Head einfach ..
PHP-Code:
<link rel="stylesheet" href="css/main.css" type="text/css" media="screen"> 
.. suchen und ..

PHP-Code:
<link rel="SHORTCUT ICON" href="images/favicon.ico"/> 
darüber oder darunter einfügen.

Der Favicon sollte sich aber dann auch im images ordner befinden. Falls du dein Favicon nicht gleich angezeigt bekommen solltest dann lösch mal deinen Browserverlauf für die Seite (Im Firefox "Webseite komplett vergessen")