php script mit javascript einbinden (extern)

[Worka]

...
jetzt möchte ich aber auf www.domain2.de/menue_rechts.php mit javascript einbinden

Was willst Du auf www.domain2.de/menue_rechts.php einbinden?

Willst Du das Javascript www.domain1.de/script.php auf www.domain2.de/menue_rechts.php einbinden?

...
und dann die javascriptlösung die aber bei mir nicht funktioniert..

<script src="http://www.domain1.de/script.php"></script>

Wenn "http://www.domain1.de/script.php" wirklich JS Code enthält, sollte das eigentlich kein Problem sein, diesen Code auf domain2.de so einzubinden.
Ein besonderer Header sollte da auch nicht nötig sein.

Was sagt denn Dein Browser dazu?
Wird überhaupt JS Code geladen?

Sehe grade Du schreibst das Script enthält HTML Code.
Solange dieser nicht Teil des Scriptes ist (z.B. so: document.write("<a href='URL'>Linktext</a>") ) wird das Dein Browser nicht ausführen weil html Code nunmal kein valider JS Code ist.