Deinen Code plus die Datenbankverbindung packst du in eine Datei im Hauptverzeichnis, bspw. dynjackpot.php:

PHP-Code:
<?php
@require_once ('lib/functions.lib.php');
@db_connect();

$global  = mysql_fetch_array(db_query("SELECT * FROM ".$db_prefix."_global_jackpot WHERE beendet = 0"));

echo '<meta http-equiv="refresh" content="5;">';

echo number_format($global['jackpot'],2,",",".").' ';

@db_close();
An der Stelle (lib/header.php bspw.) an der der Jackpotwert stehen soll, nun den IFrame einfügen:

HTML-Code:
<iframe src="dynjackpot.php" width="100" height="50">
Alternativen wären eben via Flash/Java-Applet, oder aber Ajax (vermutlich die "schönste" Lösung).