Hm, schnell alle Passwörter ändern.

Datei löschen und Backup neu hochladen.

Rechte aller Dateien erstmal runtersetzen soweit wie möglich.

Logs durchforsten bzw. Hoster kontaktieren.

Eigenen PC auf Viren,Trojaner, Malware etc durchforsten.

FTP Programm deinstallieren und neu(es) installieren (Filezilla bspw.).

Keinen WebFTP Anbieter nutzen.