Du musst unterscheiden zwischen Eintrag in die Datenbank und der Ausgabe. Wenn du etwas in einer Tabelle hinzufügst, wird es immer am Ende eingefügt, unerheblich was du da eingibst. Das siehst du, wenn du dir einfach nur die Tabelle mal in phpMyAdmin anzeigen lässt.
Um eine Ausgabe nach ID zu sortieren gibt es genau diese ORDER BY Funktion. Willst du allerdings, dass eine Tabelle von Anfang an sortiert ist, dann musst du sie löschen, neu erstellen und alle Einträge nach der ID sortiert nacheinander einfügen. Das mag sinnig sein, wenn eine Tabelle viele Einträge hat, weil du dir dann im SQL-Befehl die ORDER BY Zugabe sparst, aber bei wenigen Einträgen lohnt sich das nicht.