Diese Angabe in der functions.lib.php bezieht sich nur auf die Ausgaben, die diese Datei auch durchlaufen, also definitiv nicht auf CSS/JS/Bilder etc.

Sprich nur die "normalen" Seitenaufrufe via der index.php

Wozu das Ganze? Theoretisch könnte ein Browser ja auf die Idee kommen, nur weil er gerade die Datei:
index.php?content=/konto/uebersicht
angefordert hat (Kontostand des Users: xx Lose), dass beim nächsten Aufruf die eh nicht anders sein kann, also nimmt er sie aus dem lokalen Cache, zeigt dem User also selbe Version wie vorher an, wobei sich der Kontostand schon längst geändert hat.

Machen die Brower heut aber meist nicht mehr, nimm die Zeile einfach mal raus, sollte sich nicht spürbar was ändern, der Browser fragt trotzdem jedesmal an. Theoretisch könnte der Server noch 304 Not Modified liederfn, sofern sich tatsächlich trotz des PHP Parsens nichts geändert hat, aber das wär auch reichlich Aufwand, das extra festzustellen.

Insofern kommt man kaum drumrum, dass bei jedem Seitenaufruf der komplette HTML Code übertragen wird, damit der User die Seite auch aktuell sieht (anders bei statischen HTML Seiten, aber wer hat sowas schon noch?)

EDIT:
interessant zum Thema Optimierung ist, wie oft der Server 304 antwortet, kann man normalerweise aus dem access_log rauslesen (lassen). Aber selbst wenn, jede Anfrage dauert schon und kostet Traffic, daher evtl:
http://www.vms-tutorial.de/wiki/CSS_Sprites
Wer nen root hat, kann auch die Header optimieren, sowas:
Server: Apache/2.2.3 (Debian) mod_python/3.2.10 Python/2.4.4 PHP/5.2.0-8+etch16 mod_ssl/2.2.3 OpenSSL/0.9.8c mod_perl/2.0.2 Perl/v5.8.8
bei jeder Anfrage muss echt nicht sein ^^