Jetzt gehe ich nur auf die erste Frage ein:

(gugel 3.Treffer bei +javascript +serverzeit)
http://www.tutorials.de/forum/javascript-ajax/282719-fortlaufende-serverzeit.html


und

Datei > Servermanager... > [Deinen Server markieren] > Kartenreiter Erweitert > unten Zeitzonenabweichung des Servers anpassen:

Jetzt aber...
eaxo


EDIT:
Also wenn
PHP-Code:
echo date("d.m.Y H:i:s",time()+7200); 
mit deiner Systemzeit übereinstimmt stelle bitte den Filezilla auf +2 Stunden