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Nun habe ich im header schonmal testweise
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">
eingebaut.

Die Fehler bei News und Shoutbox sind dann plötzlich weg, dafür kommt der Fehler dann in allen anderen Bereichen wie Menü Links und Rechts Mediadaten etc halt der Content.
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Grundsätzlich schonmal auf dem richtigen Weg. UTF8 ist den "alten" Latin-1/Windows Code Pages usw. vorzuziehen, da international und so

Jetzt musst du allerdings alle Umlaute/Sonderzeichen usw. in den .php Dateien anpassen. Dazu sollte man wissen, wie diese kodiert wurden, aber vermutlich ist das bei dir Standard, wie in den VMS Dateien bzw. in einem (deutschen) Windows System: iso-8859-1 aka Latin-1

Von da aus willst du zu UTF-8(ohne BOM: byte order mark, sollte dir das mal über den weg laufen).

Das sollte jeder einigermaßen brauchbare Texteditor können, mit dem Windows-Editor/Notepad könnte das allerdings schwierig werden.

Ich empfehle da sowas wie PSPad: http://www.pspad.com/de/

Damit kannst du eine Datei/mehrere Dateien öffnen und automatisch "umwandeln" lassen.

Noch schöner wäre es evtl. eine rein auf ASCII (quasi der kleinste gemeinsame Nenner aller Textdateien) basierende Lösung zu wählen, dazu ersetzt man Sonderzeichen durch ihre Unicode-Nummer oder spezielle HTML benannte Zeichen:

HTML-Code:
ä -> &auml;
http://de.selfhtml.org/html/referenz/zeichen.htm

Auch das kann PSPad automatisch für dich erledigen.