Im Safemode kann man kein time_limit setzen, deshalb wäre eine Abfrage auf Safemode das beste

PHP-Code:
    /**
     * php.ini patchen
     */
    if(!ini_get('safe_mode'))
    {
        @set_time_limit(300);
    } 
Davon abgesehen, hast du dir mit Safemode nicht wirklich geholfen, du kannst den kompletten Server genauso sicher und gut konfigurieren, wenn safe_mode deaktiviert ist, hast danach aber nicht solche Probleme wie jetzt

Falls due unbedingt Safemode beibehalten willst, kannst du das time-limit auch in der php.ini etwas höher setzen