Sind beides von der Funktion her das selbe.

Der einzige Unterschied ist, dass fetch_assoc nur ein assoziatives Array liefert, welches mit z.b. nur $var['spalte'] angesprochen werden kann.

bei fetch_array kannst du die jeweiligen Spalte auch mittels numerischen Zeiger aufrufen wie z.b.
$var[0] (für die erste Position im Array)

Nimm also am besten immer mysql_fetch_array, dann kannste in der Hinsicht nix falsch machen. :-)

MFG