Da du ja der einzige auf dem Server bist, sollte sich ja nachvollziehen lassen (Logs) ob es BruteForce Attacken auf den FTP gab.

Dann kann es noch sein, das dein lokaler PC infiziert ist, gibt da massig Viren, die sich an dein FTP Programm "dranhängen" und die Dateien beim übertragen manipulieren können.

Was aber am schlimmsten wär, ist natürlich eine Lücke in deinem Script, welche dann ja immer wieder ausgenutzt werden kann.

Deswegen am besten mal das ganze Script prüfen, bzw. alle Addons.

Oder die beiden Dateien anlegen ohne Inhalt und alle Rechte von den Dateien entfernen, so dass sie nur noch vom Haupt-Admin-Account bearbeitet werden können. (Unter Linux meist "root", und wenn der/die da Zugriff haben, dann #*~. )

Btw:
Welcher FTP Server wird da verwendet?
(Steht meist wenn man sich einloggt in den ersten Zeilen)
Weil für die meisten gibt es effektive Schutzmaßnahmen gegen BruteForce, nur sind die meist nicht aktiviert)