nachdem du die dateien gelöscht hast, bzw. die websiet offline gestellt hast oder wie auch immer, hauptsache sie ist nicht mehr erreichbar, einfach mal ne index.html erstellen, mit dem inhalt:
HTML-Code:
hallo
und dann die url aufrufen, sollte das funktionieren, ne index.php mit dem inhalt:
PHP-Code:
<?php
echo 'hallo';
?>
sollte das auch funktionieren, liegt es am vms bzw. an der art und weise, wie du es hochlädst/einrichtest.
ansonsten muss dir dein hoster helfen.

evtl alle .htaccess dateien löschen