Hast du Indexe gesetzt? Die machen mächtig was aus.
Am Besten im phpmyadmin in Ruhe (am Besten Testsystem) ausprobieren. Man kann da auch mächtig was falsch machen.
Die Laufzeit an sich bekommt man mit explain.
Hab durch Setzen von Indexen die Abfragen von teilweise über 30 Sekunden auf unter 1 Sekunde bekommen. Auch Empfehlungen hier im Forum passen nicht immer so gut. Habe mit meinem Hoster mächtig Ärger bekommen, als ich in "gebuchte Werbung" und "reloads" die Indexe wie hier im Forum empfohlen gesetzt hatte